জানা গেছে, তিনি জীবদশায় তার পরিবারের সদস্যদের কাছে কিছু ওসিয়ত করে যান। এসব ওসিয়তের মধ্যে ছিল মৃত্যুর পর যেন একবার জানাজা হয় এবং তাকে যেন তার ৭৪ বছরের প্রিয় কর্মস্থল হাটহাজারী মাদ্রাসার বাইতুল আতিক জামে মসজিদ সংলগ্ন ‘মাকবারাতুল জামিয়া’য় সমাহিত করা হয়।

অবশেষে আল্লামা শফীর জীবনের শেষ ইচ্ছা পূরণ হয়েছে। শনিবার বেলা ২টা ১৫ মিনিটে হাটহাজারী ডাক বাংলো চত্বরে তাঁর নামাজে জানাজা শেষে তাকে তার ওসিয়ত অনুযায়ী ওই কবরস্থানে দাফন করা করা হয়।

যদিও শুক্রবার সন্ধ্যায় ঢাকার গেন্ডারিয়ার আজগর আলী হাসপাতালে চিকিৎসাধীন অবস্থায় শেষ নিশ্বাস ত্যাগ করেন হেফাজতে ইসলামের প্রতিষ্ঠাতা ও আমির আল্লামা শাহ আহমদ শফী। সেখানে খবর পেয়ে তার ভক্ত ও অনুসারীরা ঢাকায় নামাজে জানাজা দেয়ার জন্য বিক্ষাভ করেছিল।